Capítulos 1 al 41

Quince años desde que Buu fue derrotado,  Pilaf y sus secuaces (Shuu y Mai)  planean atacar el palacio de Dende para robar las bolas de dragón. Por error y cuando ha llegado al templo de Dios, se equivoca de bolas de dragón y roba las prohibidas... Pilaf invoca invoca al dragón y aparece Goku, que acaba de entrenar duramente con Uub. Pilaf dice que desearía que Goku fuera pequeño como en su primera aventura y el dragón interpreta ésto como un deseo, de tal forma que Gokuu vuelve a ser un niño pequeño, perdiendo, además, muchas de las habilidades que siempre había tenido. Kaioh Sama les avisa de un peligro que ahora amenaza al planeta precisamente como resultado de haber invocado al dragón de las esferas prohibidas. Estas antiguas bolas de dragón han quedado repartidas por todo el universo y la Tierra va a ser destruida si no consiguen reunirlas antes del plazo de un año. Con la nave espacial de la Capsule Corporation, Bulma programa su salida en busca de las bolas mágicas. Vegeta obliga a Trunks y Goten a acompañar a Goku en la aventura. Justo antes de la partida, Goten está hablando con su novia Pares por teléfono. Pan, a quien no dejan acompañarles en el viaje, entra en la nave y da un golpe. Se inicia el viaje espacial y Goten queda en la Tierra.

Goku, Pan y Trunks llegan al planeta Imegga, donde les roban su nave espacial Tako. Allí se encuentran con Giru, un pequeño Robot que les roba el radar. Ahora les ayudará en su aventura, llevando el radar incorporado a su cuerpo, funcionando incluso mejor que antes. Don Kear, tirano que gobierna este planeta envía a su guardia de élite para hacerlos prisioneros. Entre ellos se encuentra Redic, su mejor guerrero. Nada más llegar al planeta, se les ofrecen numerosos productos que comprar. Cuando llegan a un hotel, todo lo que se encuentra en la habitación es de pago: la televisión, la ducha e incluso la cama, que llevan unos contadores incorporados. Finalmente descubren la situación en la que viven los habitantes de este planeta, por culpa de Don Kear, que se está enriqueciendo. Goku consigue convertirse de nuevo en un super guerrero, aunque, para su sorpresa, ya no puede transportarse de un sitio a otro. Así, Goku se enfrenta a Redic, que curiosamente sabe que es un Super Saiyan. Derrotan al tirano Don Kear y continúan el viaje.

Ya han conseguido la bola de dragón de cuatro estrellas y, ahora, Giru detecta otra en Kelbo. Esta bola de dragón pertenece a la princesa Lemu, que les regala la esfera con una condición que consiste en derrotar a Zuhnamer, un monstruo que puede provocar terremotos y que desea casarse con Lemu. Para ello, Trunks tendrá que disfrazarse de princesa, pues es el más alto de los tres. Con éxito descubren que Zuhnamer con tenía la capacidad de crear terremotos, sino sólo de predecirla. De ahora en adelante, sólo se dedicará a predecir los terremotos, un detector sísmico. Un extraño ser aparece y les roba la bola de dragón, marchándose en una nave con forma de seta. Goku, Pan y Trunks descubren que los ladrones de las bolas de dragón son Bonpara, Donpara y Sonpara, que manipulan a sus adversarios con una curiosa danza (Bonparaparaparabonpappapa). So salvados por los Moomas, aunque sus enemigos los persiguen hasta el planeta Loud, donde una extraña secta pretende despertar a su Dios. Finalmente, Loud, dios destructor, despierta y Goku y Trunks se oponen a su amenaza, aunque no consiguen derrotarle en estado de Super Guerreros. Dolltaky, un ser extraño, añade a Pan a su colección de muñecas, tras ser convertida en juguete. Sin embargo, el Doctor humano le pide que le entregue a Pan. Puesto que Dolltaki se niega, él mismo es convertido en muñeco y arrojado con Pan al interior de Loud. Dolltaki les revela que las células cerebrales son el punto débil de Loud, así que Goku y Pan deben apuntar justo al mismo tiempo, el uno dese fuera y la otra desde dentro. Finalmente, el Dr. Mu escapa.

Abandonan Ludeze y llegan al planeta M2, donde muchos androides tienen la misma forma que Giru, que resulta ser un espía del Dr.Mu. Unos robots mutantes (Negi, Nas, Bis y Ribet) derrotan a Goku y a Trunks. Giru pone a Pan a salvo y parece que todos los robots participarán en el plan del Doctor Mu, interesado por las bolas mágicas. Ahora condecoran a Giru por las tres bolas mágicas que ha conseguido. Al parecer el general Rilld ha enviado al Mega Cañón Sygma, con el que Pan no consigue nada. Al final Goku consigue derrotar a estos robots, que al final se fusionan con el propio Rilld. Todos son congelados en bloques de hielo (esto nos recuerda a Star Wars, cuando Han Solo es congelado). Descubren que todo era un plan de Trunks y Giru desde el inicio. Ambos habían escondido las bolas de dragón y, además, Trunks había averiguado el cuarto secreto donde el Dr. Mu había programado el nacimiento de Baby, que planea conquistar la galaxia. Finalmente, el Dr Mu muere y resulta ser un instrumento del propio Baby, que es el último Tsufur de los que vivían antiguamente en el Planeta Vegeta, antes de que los saiyans lo conquistaran. Goku, Trunks y Pan continuan buscando las bolas de dragón mientras Baby llega a la Tierra y toma la posesión de varias personas, que se vuelven de su lado. Cuando llegan con las siete bolas de dragón y se las llevan a Dende para que las guarde, el mismo Dende parece poseído por Baby. Descubren que Vegeta ha sido poseído por Baby, convirtiéndose en Vegeta-Baby. Vegeta-Baby invoca a Shenron y pide la construcción del planeta Tsufur. 

Justo cuando parece que Goku va a morir a manos de Baby, Kaioh Shín lo lleva a su planeta, tras jugar al juego de surogoku, donde consiguen sacarle la cola, para poder transformarse en Ohzaru. De esta forma, cuando Pan enseña una foto a Goku con todos sus amigos y familia, reconoce su ser y se transforma en un Super Saiyajín 4. Sin embargo, Bulma construye una máquina con la que Vegeta-Baby puede transformarse en Ohzaru. Goku decide cortarle la cola, con lo que Baby se ve obligado a salir del cuerpo de Vegeta. Aunque Baby intenta huir, Goku lo impide y con una onda vital, muere.

Capítulos 42 al 47

Ha aparecido un puente cósmico que conecta la Tierra con el Infierno, lo cual es el fruto de un plan del Dr. Mu y el Dr Gero. Su objetivo es crear una imitación perfecta del robot A-17 que aún habita en la Tierra. Todos los enemigos del pasado regresan a la Tierra, aunque la mayoría, como Nappa, vuelven a morir rápidamente. Por su parte, Piccolo tiene la información sobre cómo se abrirá el portal, lanzando ambos A-17 rayos de energía uno desde la Tierra y otro desde el Infierno. Goku viaja al Infierno para arreglar la situación, tras los daños que recibe Trunks. Sin embargo, esto formaba parte de los planes del Doctor Mu y el Doctor Gero, pues el portal se vuelve a cerrar mientras Goku se enfrenta a Freezer y Cell, cuyo potencial ha aumentado notablemente desde su último combate. Sin embargo, Goku los derrota con bastante facilidad. Piccolo habla con Dende para imitar el modo en que los A-17 crearon el portal, de tal modo que Goku escapará, aunque Piccolo tendrá que quedarse allí. Fue difícil porque Goku no dejaba a Piccolo concentrarse y Dende se estaba debilitando, por lo que las bolas de dragón casi se rompen. Finalmente utilizaron unas palabras clave para ganar concentración: Ten-don, Katsu-don y Oyako-don. Algunos como Ginew intentaron llegar hasta la Tierra, pero Piccolo se lo impidió. De la unión de ambos robots idénticos surge el Super A-17. Vegeta se enfrenta a él, aunque no le causa ningún daño...

Goku, que llamó a Vegeta para que resistiera los golpes del Super a-17, se dirige hacia la Tierra. Vegeta está cerca de morir con un rayo que le lanza el Super A-17, aunque Goku, por supuesto, llega justo a tiempo y salva a su compañero. Ahora se transforma en Super Saiyan 4 para derrotar al robot. Pan está muy malherida al intentar atacar a A-17 cuando estaba muy despistado. El Doctor Gero muere y el nuevo objetivo del Doctor Mu es coquistar la galaxia, pero para ello antes tiene que destruir la Tierra. Satán, al ver herida a Pan, pide a Goku que acabe pronto con A-17. Pero el robot tiene la capacidad de absorber la energía de los ataques de Goku, haciéndose cada vez más peligroso. Esto ocurre, por ejemplo, con Kame Hame Ha que Goku le envía sin ningún éxito.

Al final, Goku va a necesitar la ayuda de Bra, Bulma, Chichi y Videl, que se ha puesto el traje que llevaba con el Great Saiyaman de la época en que Gohan estudiaba con ella en Satán City. El androide va a utilizar su técnica del 'dengeki jigoku dama' contra Goku, sin éxito. Puesto que A-17 ha asesinado a Krilyn, A-18 ha llegado para vengar la muerte de su marido frente a su antiguo amigo y compañero, que fue construido por el Doctor Gero al mismo tiempo que ella. A-18 dice que ataque al robot ahora que ella está en medio, ya que así estallará la bomba que lleva en su interior y el androide morirá. Goku sabe que no es cierto, porque Krilyn pidió una vez a Shenron que la bomba que el androide llevaba en su interior fuera desactivada. El Doctor Mu obliga al robot a atacarle ahora, con lo que al final decide atacar al mismo Dr. Mu, que muere. Cuando A-18 empieza a atacar al robot, Goku es consciente de que no puede moverse al tomar energía. Así que decide utilizar su ataque del dragón y atraviesa al robot...

Videl y sus compañeras invocan a Shenron y piden que todos los daños sufridos por culpa de estos sucesos se reparen, con lo que Krilyn resucita.

Capítulos 48 a 64

Goku y sus amigos se reúnen en la Capsule Corporation para utilizar las bolas de dragón y cumplir los deseos anteriormente mencionados. Sin embargo, aparece un dragón muy extraño y las bolas parecen romperse y vuelven a ser repartidas por todo el planeta. Kaioh Shín vuelve otra vez y les informa de que el contínuo uso de las bolas de dragón ha despertado a siete dragones malignos, que han surgido de la energía negativa de sus deseos. Además, les dice que antaño destruyeron completamente una galaxia. Goku se pone en marcha para frenar a estos dragones en sus malvados propósitos.

Cada uno de estos dragones se dirige en busca de su elemento (véase agua, tierra, fuego...) hasta recuperar su forma completa.

Así, encuentran a Ryan Shinron, el dragón de dos estrellas. Este dragón es el mejor representante de la corrupción y nació del deseo de revivir a Bora. El dragón se dedica a tocar y contaminar todo lo que vea y toque... Esta fue la única dificultad que se mostró ante Goku y Pan para derrotarle, a pesar de que este dragón es el más débil de entre todos con los que se encontraron. La solución fue el agua, símbolo de pureza, limpieza, en este caso.

Goku y Pan llegan a un lugar vacío y Giru detecta que allí está la bola de dragón de siete estrellas. Sin embargo, hace su primera aparición un dragón maligno: Uh Shinron, dragón de 5 estrellas, representante de la energía eléctrica. Fue difícil de derrotar por su exoesqueleto de lodo rojo. Surgió de revivir a Goku ante la llegada de los guerreros del espacio. Fue derrotado por el planeta, pues el lodo rojo provocó una explosión. A continuación se encuentran con Ryu Shinron, representante del elemento del agua, que vuelve a la vida con el primer deseo de la serie, el de Woolong de conseguir sus braguitas, lo que resulta vergonzoso para el propio dragón. Tiene capacidad de metamorfosearse y se hace pasar por la princesa bailarina (Odo Hime). Fue derrotado por Goku y Pan con la ayuda de una gaviota.

El siguiente dragón es Chii Shenron, que es quien posee la bola de dragón de siete estrellas. Este dragón, que no posee demasiada fuerza, fue liberado por el deseo de resucitar a todos los que murieron por causa de Buu, Babidi y Vegeta. Puede adquirir las habilidades de todos los organismos vivos, aumentando su potencial de batalla. Es el representante de la tierra. Goku tuvo un problema, puesto que el dragón pudo poseer a Pan, pero aún así, el pequeño Goku siempre cuenta con alguna que otra Onda Vital. Posteriormente se enfrentan a Suh Shinron, dragón de cuatro estrellas que representa el calor y el fuego. Es el dragón que más bondad muestra de todos. Como su hermano gemelo, es resucitado por el deseo de rejuvenecer a Piccolo Daimaoh. Lo eliminó finalmente Ih Shinrón, aunque mostró su ayuda a Goku y Pan. Curiosamente el dragón más bondadoso es que salió de la bola de dragón que Goku conservaba como regalo de su abuelo. Al combate se une San Shinron, gemelo del anterior dragón, que posee la bola de tres estrellas y representa el frío y el hielo. Proviene del mismo deseo que su hermano. Es cruel y ataca por la espalda a sus enemigos.

Finalmente, Goku se enfrenta al dragón de una estrella, Ih Shinron, al que no le hizo falta ningún deseo para nacer. Goku, en estado de Super Saiyan Cuatro, tuvo muchas dificultades para derrotarle. Aparecen Uub, Son Goten, Trunks y Gohan, que no dudan en ceder energía a su compañero. Aún así no pudeo derrotar al malvado dragón, que se tragó todas las bolas para tener más fuerza. Goku consigue recuperar la bola de cuatro estrellas y él mismo se traga para que Ih Shinron no recupere su fuerza. Además, aparece Vegeta, que con una nueva máquina de Bulma se transforma en Ohzaru y después en Supera Saiyan 4. Él mismo quiere realizar la fusión con Goku y, como resultado, surge Gogeta. Finalmente, Goku acumula la energía suficiente para realizar el Genkidama , con el que derrota definitivamente a Ih Shinron. Shenron aparece y con el deseo resucita Krilyn. Goku se marcha con el dragón y las bolas de dragón se introducen en su cuerpo. Tras hacer una visita a Kame Sennin y Krilyn en Kame House, Goku se marcha. Además, Yamcha ve pasar al dragón y sabe que se trata de Goku.

En el último capítulo de la serie, Vegeta Junior y Goku Junior, tataranietos de Vegeta y Goku respectivamente, se  enfrentan como finalistas de una nueva edición del Torneo de Artes Marciales, donde aparece una estatua de Goku como recuerdo. Pan cree haber visto a Goku, que se marcha de allí sonriendo...